2044年的纽约大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球大量外星人通过神秘传送门入侵将城市化为灰烬忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势死伤惨重怀抱着忍者最强武器希望忍者神龟们决定回到过去时空找到开启传送门的钥匙阻止朗格恢复世界和平里奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命他在过去时空与女记者艾普利尔奥尼尔成功接头并和忍者神龟们汇合开启了拯救世界的行动我们的未来我们自己做主忍者神龟们向朗格发起了终极挑战