一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界其实是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，人们就象他放牧的动物一样。尼奥在网络上查找关于“矩阵”的一切。在一名神秘女郎特蕾妮的引导下见到了黑客组织的首领摩菲斯，三人一起走上了抗争“矩阵”的征途。