主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探在目击黑暗组织的地下交易后正准备追踪时却被突袭击昏并被灌下代号为APTX4869的不明药物后来虽然幸免于死但身体就此缩小为小学时期的模样之后他化名为江户川柯南在邻居阿笠博士的建议下寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中继续秘密从事追查黑暗组织的工作并私下探寻获得解药的管道希望能够恢复原来新一的样貌与此同时柯南凭着自己的推理天份配合阿笠博士为他发明的道具帮助毛利小五郎成为出名的大侦探故事内容当中穿插许多爱情友情犯罪背叛复仇等情节