在东京某个位于西国立市的神社内有三名可疑的男子正在密谈突然有个戴着假面具的黑影男人出现他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害与此同时在大阪京都也相继发生了杀人事件警方在经过调查后发现被杀害的五人都是出没于东京大阪京都三地专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团源氏萤的成员这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将源义经的故事义经记为名首脑化名义经部下则以弁庆为首各自以家将姓名相称另一方面小五郎带着柯南小兰和园子来到了京都八年前位于京都的古老寺院山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像因而请来了小五郎帮忙小五郎一行人展开了调查